您好，主要看您的应用需求和数据情况。
并不是所有模型都是max原生制作的，有时可能是其它自研渠道软件做的模型使用max打开再导出为fbx，
或者是max使用了一些特殊的材质库，这些数据都可能会存在导出fbx后材质读取兼容性的问题，发生材质丢失。
因此，不是fbx一定会材质丢失，但是fbx作打包型文件模型是可能存在材质丢失或者材质变色的情况的
至于哪个更好，看您是业务流程和数据情况，使用iDesktop快捷方便，一个fbx导入为一个模型数据集，并且不需要考虑文件导出的max版本，脱离max平台，不需要计算机有max平台，但当特殊材质导出的文件格式不标准（其它软件也可以导出fbx，不止max）可能存在材质丢失。
使用插件，需要依赖max平台，并且可能高低版本文件使用不同版本max打开发生场景转换导致模型效果改变，但是使用max插件出了导出模型数据集外，还有批量导出模型、批量导入模型、导出点位+模型、自动化导出UDB等其他功能（详见3dsmax插件文档中）。
因此没有哪个更好或者只能用那个的说法，两种的适用场景、匹配业务不一样，看您根据您项目情况自行选择。
希望可以帮到您。
